В текущем REST-клиенте Java высокого уровня вы можете перечислить все индексы, просто запросив GetIndex-запрос с "*" в качестве имени индекса.
GetIndexRequest request = new GetIndexRequest().indices("*");
GetIndexResponse response = client.indices().get(request, RequestOptions.DEFAULT);
String[] indices = response.getIndices();