Точно не EOF-символ , только управляющий символ, имитирующий «выход».И CMD вокруг bash не интерпретирует CTRL - Z правильно.
В git bash это будет: Alt-Space , за которым следует C .
Выполнено в bash без запуска какой-либо программы, что приведет к выходу из консоли.
Попробуйте проверить, не перехватывает ли ваша программа управляющий символ и не завершает ли она выполнение.Но это может закрыть Windows bash все вместе.