Они очень похожи, но экзистенциальный тип Скалы должен быть более могущественным. Например, экзистенциальный тип Scala может быть как верхним, так и нижним ограниченным, тогда как подстановочный знак Java может быть только верхним.
Например, в Scala:
scala> def foo(x : List[_ >: Int]) = x
foo: (x: List[_ >: Int])List[Any]
foo принимает список параметров с нижней границей Int.