Вычислить значение r-квадрата для случайной сети в R

Question

Я создал множество случайных сетей в R, используя алгоритм erdos-renyi.Однако я не могу найти функцию для расчета значения R-квадрата (коэффициента корреляции Пирсона) графика.Например, если я использую функцию erdos renyi game в пакете igraph, чтобы сделать мою сеть

erdos.renyi.game(281, 447, type = "gnm",m = 465, directed = FALSE)

Как я смогу рассчитать значение R-квадрата для этого?

Answer 1

library(igraph)
library(intergraph)
library(sna)

# create the graphs
gs <- replicate(2,  
                sample_gnm(281, 447,m = 465, directed = FALSE),
                simplify = F) 
# sample_gnm is preferred to erdos.renyi.game now

# turn them into network objects
nets <- lapply(gs, asNetwork)

Теперь используйте gcor для получения корреляции и qaptest для проверки значимости.

gcor(nets, g1 = 1, g2 =2)
[1] 0.003537025
qaptest(nets, gcor, g1 = 1, g2 = 2)

QAP Test Results

Estimated p-values:
    p(f(perm) >= f(d)): 0.17 
p(f(perm) <= f(d)): 0.834