Как не дать IntelliJ IDEA забыть игнорируемые каталоги при использовании Gradle?

Question

У меня есть настройка проекта Gradle, поэтому он использует временные каталоги с исходными файлами, поэтому они должны быть частью процесса сборки.Но IDEA продолжает забывать, что я добавил эти каталоги в игнорируемые.Я не хочу изменять исходные файлы, которые будут перезаписаны в следующей сборке - теряются все сделанные мной изменения, потому что IDEA перешел на неверный файл.

Файл Gradle для основного модуля:

import org.apache.tools.ant.filters.ReplaceTokens

apply plugin: "java"
apply plugin: "scala"
sourceCompatibility = 1.6
[compileJava, compileTestJava]*.options*.encoding = 'UTF-8'
def srcDirs = ["build/src/"]
sourceSets.main.java.srcDirs = ["src/"]
sourceSets.main.scala.srcDirs = srcDirs
eclipse.project {
    name = appName + "-core"
}
dependencies {
}

def getGitHash = { ->
    def stdout = new ByteArrayOutputStream()
    exec {
        commandLine 'git', 'rev-parse', '--short', 'HEAD'
        standardOutput = stdout
    }
    return stdout.toString().trim()
}

task prepareSources(type: Copy) {
    from('src')
    into('build/src')
    filter(ReplaceTokens, tokens: [VERSION: version, GITHASH: getGitHash()])
}

compileScala {
    dependsOn prepareSources
}

compileScala.doLast {
    println("Deleting core jar")
    delete("/core/build/libs/core-1.0.jar")
}

Это началось после добавления замены токена (я не очень хорошо знаю Gradle или Groovy, все они сложены вместе, но это работает).