как добавить метки второй оси X (аннотации) в Heatmap (Bioconductor) - PullRequest
Новая
       21

как добавить метки второй оси X (аннотации) в Heatmap (Bioconductor)

0 голосов
/ 21 ноября 2018

Я пытаюсь создать тепловую карту с помощью Heatmap в Rstudio.

Мой файл данных представляет собой текстовый файл, разделенный табуляцией, со строкой заголовка (имена строк в Heatmap), а в 1-м и 2-м столбцах указаны имена столбцов моей тепловой карты (я хочу, чтобы они отображались как метки столбцов в моей тепловой карте)

Вот мой сценарий: 

filename <- "Heatmapii.csv"
my_data <- read.table(filename, sep=",", header = TRUE)

#Transform data into a matrix)
my_matrix <- as.matrix(my_data[ ,c(3:23)]) # leave out the first 2 columns 

# Save Time column for annotating the heatmap later (1st column)
time_info <- data.frame(time=my_data$Time) 

# Save Treatment column for annotating the heatmap later (2nd column)
treatment_info <- data.frame(treatment=my_data$Treatment) 

Heatmap(my_matrix) 

# Flip rows and columns around
my_matrix <- t(my_matrix)
Heatmap(my_matrix)

colnames(my_matrix) <- my_data$Time

# Create heatmap by showing 1st column names
Heatmap(my_matrix, 
    show_column_names = TRUE,
    cluster_rows =FALSE, 
    cluster_columns = FALSE,
    row_names_side = "left")

# Assign different colors for 2nd column of my_data
treatment.colors <- c("grey","lightblue")

# set the names for treatment.columns
names(treatment.colors) <- paste(c("Control","Inoculated"), sep = "")

Heatmap(my_matrix, 
    show_column_names = TRUE,
    cluster_rows =FALSE, 
    cluster_columns = FALSE,
    row_names_side = "left",
    bottom_annotation = HeatmapAnnotation
    (treatment_info, col = list(treatment=treatment.colors), 
    show_legend = TRUE)

Итак, в основном мне удалось добавить второй столбец на оси X только разными цветами.Я хотел бы, возможно, сохранить разные цвета, но также продемонстрировать названия, которые соответствуют этим цветам на тепловой карте.

Я очень плохо знаком с R, не могли бы вы помочь мне с этим?

...