Ошибка при развертывании блестящего приложения - PullRequest
Новая
       10

Ошибка при развертывании блестящего приложения

0 голосов
/ 20 мая 2018

Я написал блестящее приложение, оно зависит от некоторых пакетов от CRAN, bioconductor и Github.Я хочу развернуть его на shinyapps.io, но получаю ошибку.Во-первых, я использую руководство пользователя shinyapp.io.Просто используйте пакет R "rsconnect", и установите учетную запись, используя setAccountInfo, а затем используйте rsconnect :: deployApp для развертывания моего приложения, но получите следующую ошибку.enter image description here

И затем я добавляю опции (repos = BiocInstaller :: biocinstallRepos ()) Это позволило мне устанавливать пакеты на bioconductor, но мое приложение также зависит от пакетов от Github, поэтомуполучить следующую ошибку.

enter image description here

1 Ответ

0 голосов
/ 11 сентября 2018

Пожалуйста, не размещайте изображения.Это не помогает с размерами шрифтов и не сообщает о вашей проблеме должным образом.Попробуйте опубликовать введенный вами код, сообщение об ошибке и, наконец, sessionInfo ().

По вашей ошибке вы, вероятно, пропустили в документации Использование пакетов R в облаке .

Чтобы пакеты BioConductor были успешно установлены на shinyapps.io, необходимо настроить параметр репозитория ... `

Проверьте, какие репозитории использует ваш сеанс 

getOption("repos")

по умолчанию, вы должны увидеть.Где Биокондуктор отсутствует.

                                            CRAN 
"https://mran.microsoft.com/snapshot/2018-08-01" 
                                       CRANextra 
            "http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin"

Вы можете сделать глобальное изменение в .Rprofile (корневой каталог R).или создайте новый .Rprofile.Я бы предпочел второй способ, где у вас есть лучший контроль.

Шаги подробно описаны здесь Управление пакетами в RStudio Connect .

Добавьте .Rprofile в каталог приложения, которое вы собираетесь развернуть.Скопируйте и вставьте следующее.

# A sample .Rprofile file with two different package repositories

local({
  r <- getOption("repos")  
    r["BioCsoft"] <- "https://bioconductor.org/packages/3.7/bioc" 
    r["BioCann"]  <- "https://bioconductor.org/packages/3.7/data/annotation" 
    r["BioCexp"]  <- "https://bioconductor.org/packages/3.7/data/experiment" 
r["BioCworkflows"]<- "https://bioconductor.org/packages/3.7/workflows"            
    r["CRAN"]     <- "https://cran.rstudio.com" 
  options(repos = r)
})
...