Вы не можете создать файл, используя js, так как это язык на стороне клиента, поэтому вы должны перейти ко второму варианту, вы можете сделать ajax-запрос к вашему скрипту на стороне сервера, который будет принимать содержимое и создавать файл, что-то вроде:
JS:
$.post('my_php_script.php', {content: $('#content').html()});
PHP:
<?php
$content = $_POST['content'];
$fp = fopen($_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] . "/example.html","wb");
fwrite($fp, $content);
fclose($fp);
?>