Я советую попробовать какое-то время использовать другую IDE, например NetBeans, и посмотреть, удаляются ли файлы. Eclipse, вероятно, не подозревает, поскольку эти файлы были бы в локальной истории, даже если они не были удалены.
Я сам пытаюсь решить проблему, подобную этой, и обнаруживаю, что, когда я просматриваю файлы, которые были удалены с помощью другого текстового редактора, такого как GEdit, они выглядят так, как будто они повреждены. Ранее я не заметил, что затмение сохранило их в местной истории, спасибо вам за это. Я использовал gitHub для резервного копирования и восстановления из этого.
Если я обнаружу, что переход на другую IDE исправляет это или любую другую информацию, я обновлю этот пост.