Это является следствием атрибута Boot-Class-Path в манифесте агента .Благодаря этой записи файл jar агента добавляется в путь поиска загрузчика начальной загрузки.Это делается дополнительно к добавлению агента в загрузчик классов системы (приложения), как это делается для любого агента.
Все это делается до первой загрузки класса записи агента.Из-за родительской первой семантики загрузчика системного класса загрузчик класса начальной загрузки затем запрашивает сначала загрузку класса агента, что он делает успешно.Как следствие, основной класс агента теперь загружается загрузчиком, а не загрузчиком системных классов, как вы наблюдаете.
Кстати, это решение немного хакерское.Скорее, должен быть агент запуска, который добавляет основной агент к загрузчику начальной загрузки.Таким образом, вы избегаете полагаться на иерархию загрузчиков, если какая-то альтернативная виртуальная машина применяет другой порядок загрузки.