Это полностью зависит от того, как написан ваш make-файл. Вы можете использовать условные выражения, чтобы избежать добавления файлов при соблюдении определенных условий:
ifeq ($(OS),win32)
SOURCES += foo_win32.cpp
else
SOURCES += foo_posix.cpp
endif
...
foo: $(SOURCES)
Если вы немного уточнили, что именно вы хотите сделать, вы можете получить лучший ответ.
РЕДАКТИРОВАТЬ: если файлы определяются с помощью поиска, вы можете исключить файлы / каталоги из поиска, как это:
SOURCES:=$(shell find srcdir -type f | grep -v dirtoexclude)