Какую версию MySQL Workbench вы используете?
Я публикую здесь 2 варианта: В MySQL Workbench просто снимите флажок в разделе «Остановить выполнение скрипта при ошибках»:
и в более новых версиях используйте «Переключить, следует ли продолжать выполнение сценария SQL после неудачных операторов»
Для получения подробной информации вы можете найти здесь