Чтобы получить этот вход от сканера, вы можете использовать функцию Integer.parseInt (String, radix).
Затем вы бы минус один int из другого и преобразовали бы результат обратно в двоичную строку для отображения.
import java.util.Scanner;
public class Main3 {
public static void main(String[] args){
Scanner scan = new Scanner(System.in);
int one = Integer.parseInt(scan.nextLine(),2);
int two = Integer.parseInt(scan.nextLine(),2);
String result = Integer.toBinaryString(one - two);
System.out.println(result);
}
}