Существует переписывание API Web Audio в JavaScript для Node.js: https://github.com/audiojs/web-audio-api
Я думаю, что было бы проще в вашем случае использовать FFmpeg для извлечения и декодирования аудио в PCM(через простой дочерний процесс, передавая данные в ваше приложение через STDIO), а затем выполните свою собственную обработку оттуда.
Если вы ищете определенные частоты, рассмотрите реализацию алгоритма Goertzel .Это более эффективно, чем полное FFT, если вам нужна только пара частот.