ArrayList
будет содержать только ссылки на объекты, а не сами объекты. Когда вы копируете содержимое одного списка в другой, вы копируете эти ссылки. Это означает, что два списка будут ссылаться на одни и те же объекты.
Я подозреваю, что когда вы говорите, что вносите изменения в один из списков, вы фактически подразумеваете, что вносите изменения в один из объектов , на который ссылается в списке. Этого следовало ожидать.
Если вы хотите, чтобы списки имели ссылки на независимые объекты, вам нужно будет сделать глубокую копию объектов при их копировании из одного списка в другой. Как именно это работает, будет зависеть от объектов, которые вы копируете.