У меня была такая же проблема, и оказалось, что в моем файле конфигурации в .elasticbeanstalk / config.yml у меня была следующая строка
sc: git
Это делает eb Инструмент поиска .git , которого не было в моем случае, так как я хотел развернуть только zip-файл.
Сообщение об ошибке далеко не ясно!