В веб-контейнере, вероятно, будет пул потоков, и сервер приложений, вероятно, также имеет свои собственные фоновые потоки, поэтому ваш поток конкурирует с этими потоками за ресурсы (не в последнюю очередь ЦП), поэтому на этом уровне возможны помехи. Фактическое планирование потоков будет выполняться JVM, и это может зависеть от того, какие приоритеты установлены. Серверы приложений Java EE не побуждают вас запускать собственные рабочие потоки, а некоторые предоставляют архитектурные способы сделать это, я бы предпочел сделать это.
Конечно, потоки веб-приложения и ваш поток, использующие одни и те же бизнес-объекты, также могут бороться, но, по крайней мере, вы должны быть равноправным гражданином.