Простейшим, вероятно, будет:
https://lxml.de/api/lxml.etree-module.html#tostring
Эта функция принимает method='c14n', exclusive и with-comments, которые c14n связаны с канонизацией.
Это не идеально, но вы получите свои 90% там ... вы все равно захотите проверить вещи вручную.
Далее чуть менее питонным будет libxml2 ... хотя в моем очень ограниченном опыте с ним это еще более сложно.