При создании msi или exe вашей установки или чего-либо еще, должен быть способ предварительно установить ключи реестра в зависимости от используемого вами программного обеспечения.
Вы также можете сделать это с помощью кода в начале вашегопрограмма, но это было бы пустой тратой.Посмотрите на класс RegistryKey .
РЕДАКТИРОВАТЬ:
Microsoft.Win32.RegistryKey regKey = Microsoft.Win32.Registry.CurrentUser.CreateSubKey("MyNewSubKey");
using (Microsoft.Win32.RegistryKey subsubkey = regKey.CreateSubKey("MyNewSubSubKey"))
{
subsubkey.SetValue("The cake", "U got the cake !");
Console.WriteLine((String)(subsubkey.GetValue("The cake", "The cake is a lie"))); //Print U got the cake if success. Otherwise print "The cake is a lie"
}