Нет способа указать SqlWorkflowPersistanceService использовать разные хранимые процедуры. Их имена закодированы в сборке. AFAIK SqlWorkflowPersistanceService только обращается к таблицам через хранимые процедуры, чтобы вы могли изменить все эти хранимые процедуры, чтобы они указывали на разные имена таблиц. Не уверен, что работа и риск того стоят.
Альтернатива - написать собственный тур WorkflowPersistanceService. Я написал SqlCeWorkflowPersistenceService с использованием LINQ to SQL в прошлом году, и вы можете принять это и изменить имена таблиц. Он будет работать с сервером SQL как есть, единственное, что я оставил, это часть владения рабочим процессом, так как это не относится к SQLCe. Вы можете скачать код с здесь .