Для полного документа (родитель с вложенными документами):
db.references.find({"metadades.changed": {$exists: 1}}).pretty()
В основном будут созданы все документы с хотя бы одним вложенным документом с измененным полем.
Если вы толькохотите вложенный документ, который соответствует:
db.references.aggregate([
{
$unwind: {
path: "$metadades"
}
},
{
$match: {
"metadades.changed": {$exists: 1}
}
},
{
$replaceRoot: {
"newRoot": "$metadades"
}
}
])