При выборе параметра Обновить модель из базы данных в модели данных EF любые связи между таблицами не обновляются. Единственный способ найти это - удалить и прочитать файл edmx, есть ли другой способ?
Я думаю, вы видите ошибку в конструкторе, которую я вижу совсем немного. Обновите модель, закройте и снова откройте конструктор, и вы увидите линии отношений между сущностями.