C ++ bad_alloc исключение на future.get - PullRequest
Новая
       12

C ++ bad_alloc исключение на future.get

0 голосов
/ 29 января 2019

Моя программа на C ++ завершает работу с исключением bad_alloc.Я пытаюсь найти причину, но не знаю, как отлаживать подобные исключения.

До сих пор я скомпилировал программу в режиме отладки, запустил ее с помощью gdb и установил точку останова, прежде чем выдатьисключение (b 'std::bad_alloc::bad_alloc()').

После создания исключения я проверил стек (bt), который показал следующее: 

(gdb) bt
#0  0x00007ffff752f1f7 in raise () from /lib64/libc.so.6
#1  0x00007ffff75308e8 in abort () from /lib64/libc.so.6
#2  0x00007ffff7f0a7fd in __gnu_cxx::__verbose_terminate_handler () at ../../../../libstdc++-v3/libsupc++/vterminate.cc:95
#3  0x00007ffff7f08876 in __cxxabiv1::__terminate (handler=<optimized out>) at ../../../../libstdc++-v3/libsupc++/eh_terminate.cc:47
#4  0x00007ffff7f088c1 in std::terminate () at ../../../../libstdc++-v3/libsupc++/eh_terminate.cc:57
#5  0x00007ffff7f0886a in std::rethrow_exception (ep=...) at ../../../../libstdc++-v3/libsupc++/eh_ptr.cc:259
#6  0x0000000000419001 in std::__basic_future<void>::_M_get_result (this=0x55b9a0)
    at /soft/EB_repo/devel/programs/foss/2016b/GCCcore/5.4.0/include/c++/5.4.0/future:683
#7  0x0000000000416da6 in std::future<void>::get (this=0x55b9a0) at /soft/EB_repo/devel/programs/foss/2016b/GCCcore/5.4.0/include/c++/5.4.0/future:846
#8  0x00000000004d152f in cluster_reads (reads=..., kmer_size=14, t_s=0.10000000000000001, t_v=500, bv_threshold=0.40000000000000002, 
    min_bv_threshold=0.20000000000000001, bv_falloff=0.050000000000000003, min_reads_cluster=0, n_threads=8) at cluster.cpp:81
#9  0x000000000040910b in main (argc=8, argv=0x7fffffffc028) at main.cpp:106

Как видно из #7, исключение выдается при получении std :: future?Вот фрагмент кода из cluster_reads (# 8), который дает сбой (я пометил строку 81 стрелкой). 

    std::vector<std::vector<kmer_t>> kmers(reads.size());
    std::vector<std::vector<kmer_t>> rev_kmers(reads.size());

    std::vector<kmer_bv_t> bv_kmers(reads.size());
    std::vector<kmer_bv_t> rev_bv_kmers(reads.size());

    std::vector<std::future<void>> tasks;
    for (int t = 0; t < n_threads; ++t) {
        tasks.emplace_back(std::async(std::launch::async, [t, &reads, n_threads, kmer_size, &kmers, &rev_kmers, &bv_kmers, &rev_bv_kmers] {
            for (int i = t; i < reads.size(); i+=n_threads) {
                read_kmers_t k1 = extract_kmers_from_read(reads[i].seq, kmer_size);

                kmers[i] = k1.list_forward;
                rev_kmers[i] = k1.list_reverse;
                bv_kmers[i] = k1.bv_forward;
                rev_bv_kmers[i] = k1.bv_reverse;
            }
        }));
    }

    for (auto &&task : tasks) {
        task.get(); <------------------- line 81
    }

Как можно отладить эту проблему дальше?Я довольно новичок в GDB.Любая идея о том, что может быть причиной исключения bad_alloc?

1 Ответ

0 голосов
/ 29 января 2019

Кажется, что std::bad_alloc выбрасывается в один из потоков, а затем перебрасывается task.get() (который вы ошибочно считаете источником исключения).Вот цитата из future::get() cppreference

Исключения Если исключение было сохранено в общем состоянии, на которое ссылается будущее (например, посредством вызоваstd::promise::set_exception()) тогда будет сгенерировано это исключение.

Это может произойти из-за выделения std::vector<kmer_t> в: 

read_kmers_t k1 = extract_kmers_from_read(reads[i].seq, kmer_size);

и позже в: 

kmers[i] = k1.list_forward;

Из названий переменных я предполагаю, что вы читаете базы данных генома, которые могут быть большими и исчерпать вашу память, если вы не будете осторожны.

Чтобы поймать точный момент, когда выдается исключениевы должны указать gdb: 

 (gdb) catch throw

, что остановит выполнение при возникновении исходного исключения.

...