Вы можете использовать
<?php
file_put_contents ($filename , "");
?>
на сервере Linux / Unix вы можете использовать систему, чтобы сделать это с помощью команды оболочки, но я бы предпочел остаться с функциями PHP (в целях безопасности и переносимости) - в любом случае:
<?php
system('touch '.escapeshellarg($filename));
?>