Сочетание «Мне нужно , чтобы ... обновить некоторые [библиотеки]» (из вашего вопроса) и «Я только учусь, как работает tomcat» (из вашего комментария) звучит нелогичнодля меня.
Конечно, вы можете изменять все, что вам нравится на tomcat.Вы должны знать, что никто не будет делать то же самое и проверять.И если вы столкнетесь с проблемами и намереваетесь опубликовать какие-либо вопросы здесь или где-либо еще, вы должны учитывать тот факт, что вы заменили несколько библиотек, с которыми был протестирован tomcat.
Может быть или не быть смысла добавлять классы в общий путь к классам.https://tomcat.apache.org/tomcat-9.0-doc/class-loader-howto.html не советует добавлять туда классы application :
Common - этот загрузчик классов содержит дополнительные классы, которые становятся видимыми как для внутренних классов Tomcat, так и для всех веб-приложений.
Обычно классы приложений НЕ должны размещаться здесь....
При этом, да, вы можете добавлять туда классы, и они будут доступны для всех веб-приложений.Однако никакое обновление ни одного из этих классов не может быть выполнено во время выполнения - в отличие от приложений, содержащихся в веб-приложениях.Веб-приложения могут быть повторно развернуты в работающем коте.Обновления классов в общем загрузчике классов требуют перезапуска tomcat.
Поскольку вы упоминаете, что вам также понадобится javaee.jar, вы можете быть более довольны TomEE , который объединяет еще несколько jar-файлов.по сравнению со стоковым Tomcat.