Вам не нужны два сервера для разговора, вы можете просто сказать браузеру, чтобы он получал Javascript из другого экземпляра. Например, вы можете добавить это в App1 / page / mypage.jsp,
<script language="javascript" type="text/javascript" src="../../App2/js/mycode.js"></script>
Обратите внимание, как относительный URL используется в src. Это предполагает, что вы запускаете оба экземпляра за одним и тем же внешним интерфейсом (Apache или переключатель). Если вам нужно запустить их на другом хосте или порте, вам просто нужно использовать абсолютный URL.
Еще одно предложение - использовать символическую ссылку для общих каталогов. Это работает для меня в Unix, но я не уверен, работает ли он с ярлыком Windows.