R- один из способов извлечения анова p_value

Question

Я пытаюсь сделать одностороннюю анову для нескольких строк набора данных и извлечь p_value, чтобы потом использовать его.

Вот что я сделал:

anova <- function(x) {summary(aov(x ~ bt.factor))[[1]]["Pr(>F)"]}
anv.pval <- apply(golubALL, 1, anova)

С помощью этой формулы я могу извлечь pvalue, но он поставляется с другими элементами:

$`1414_at`
            Pr(>F)
bt.factor   0.7871
Residuals

В результате я хотел бы получить только это в списке.Как я мог извлечь это?

Answer 1

Рассмотрите возможность использования broom.С tidy() вы можете извлечь только поле p.value:

require(broom)
a <- aov(mpg ~ wt, mtcars)

tidy(a)
#        term df    sumsq     meansq statistic      p.value
# 1        wt  1 847.7252 847.725250  91.37533 1.293959e-10
# 2 Residuals 30 278.3219   9.277398        NA           NA

tidy(a)$p.value
# [1] 1.293959e-10           NA