Один из возможных вариантов - распаковать jar через плагин maven, обновить основной класс в spring-boot-maven-plugin и выполнить команду, как указано ниже:
Распаковать jar:
<plugin>
<groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
<artifactId>maven-dependency-plugin</artifactId>
<version>2.2</version>
<executions>
<execution>
<id>unpack</id>
<phase>compile</phase>
<goals>
<goal>unpack</goal>
</goals>
<configuration>
<artifactItems>
<artifactItem>
<groupId>com.group</groupId>
<artifactId>artifact</artifactId>
<version>0.0.1</version>
<type>jar</type>
<overWrite>true</overWrite>
<outputDirectory>${project.build.outputDirectory}</outputDirectory>
</artifactItem>
</artifactItems>
</configuration>
</execution>
</executions>
</plugin>
Обновление основного класса (добавьте тег ниже в spring-boot-maven-plugin) в pom.xml: так как у вас может быть несколько основных классов в финальном банке.
<configuration><mainClass>any of the main class here</mainClass></configuration>
Вызов основного класса
java -cp final.jar -Dloader.main=<fullyqualifed_mainclass> org.springframework.boot.loader.PropertiesLauncher
Этим вы можете вызвать любой из основного класса из финальной банки.