JupyterHub внутренне порождает экземпляр Jupyter Notebook, поэтому в идеале вы захотите заблокировать команды pip в Jupyter Notebook.
У вас есть два решения, насколько мне известно, поскольку я столкнулся спохожая проблема.
1) Напишите ваше собственное ядро, в котором вы можете выбрать, чтобы не было определенных команд, которые не требуются для вашего варианта использования.
ИЛИ
2) Еслион подходит для вашего случая использования, вы можете просто удалить саму оболочку.
Обратитесь к моему ответу здесь для шагов: Отключите магию от ноутбука jupyter
В идеале, если вы работаете в такой многопользовательской среде, я бы предложил использовать Docker.
Для запуска JupyterHub с Docker, перейдите по этой ссылке для получения дополнительной информации об университетах / институтах, в которых работает JupyterHub - https://jupyterhub.readthedocs.io/en/stable/gallery-jhub-deployments.html