Изменить переменную в работающем скрипте Bash

Question

У меня есть скрипт bash, который обрабатывает данные за несколько лет, поэтому выполнение скрипта может занять неделю.Чтобы ускорить процесс, я использую многопоточность, запустив несколько экземпляров параллельно (каждый экземпляр = 1 день данных).Каждый экземпляр занимает 1 процессор, поэтому я могу запустить столько экземпляров, сколько доступно процессоров.Поскольку я запускаю процесс на мощном сервере, которым я делюсь с другими, в какой-то момент у меня может быть больше или меньше доступных процессоров.Мой текущий скрипт:

#!/bin/bash
function waitpid {
   #Gather the gLABs PID background processes (Maximum processes in 
   #background as number of CPUs)
   NUMPIDS=`jobs -p|awk 'END {print NR}'`
   #A while is set because there seems to be a bug in bash that makes 
   #sometimes the "wait -n" command
   #exit even if none of provided PIDs have finished. If this happens, 
   #the while loops forces the 
   #script to wait until one of the processes is truly finished
   while [ ${NUMPIDS} -ge ${NUMCPUS} ]
   do
     #Wait for gLAB processes to finish
     PIDS="`jobs -p|awk -v ORS=" " '{print}'`"
     wait -n ${PIDS} >/dev/null 2>/dev/null
     NUMPIDS=`jobs -p|awk 'END {print NR}'`
   done
}
NUMPCUS=10
for(...) #Loop for each day
do
   day=... #Set current day variable
   #Command to execute, put in background
   gLAB_linux -input ${day}folder/${day}.input -output ${day)outfolder/${day}.output &        
   #Wait for any process to finish if NUMCPUS number of processes are running in background
   waitpid 
done

Поэтому мой вопрос: если этот скрипт запущен, есть ли способ, которым я могу изменить переменную NUMCPUS на любое значение (например, NUMCPUS = 23), не останавливая скрипт?.Если возможно, я бы предпочел метод, который не включает чтение или запись в файл (я хотел бы уменьшить временные файлы до 0, если это возможно).Я не против, если это «хакерский» процесс, такой как метод, описанный в в этом ответе .На самом деле, я пытался в GDB аналогичные команды, как в этом ответе, но это не сработало, у меня были следующие ошибки в GDB (и также сделал сбой процесса):

(gdb) attach 23865
(gdb) call bind_variable("NUMCPUS",11,0)
'bind_variable' has unknown return type; cast the call to its declared return type
(gdb) call (int)bind_variable("NUMCPUS",11,0)
Program received signal SIGSEGV, Segmentation fault

EDIT1: Некоторые комментарии ксценарий:

• gLAB_linux - это одноядерная программа обработки и не знает о переменной NUMCPUS
• Каждое выполнение gLAB_linux завершается примерно за 5 часов, поэтому сценарий bash является большей частьювремя ожидания внутри wait -n.
• NUMCPUS должно быть локальной переменной для сценария, поскольку может существовать другой сценарий, подобный этому, работающий параллельно (изменяющий только параметры, заданные для gLAB_linux).Поэтому NUMCPUS не может быть переменной среды.
• Единственный процесс, который обращается к NUMCPUS, - это скрипт bash

EDIT2: после ответа @Kamil я добавляю свое предложение для чтения из файла.количество процессоров

function waitpid {
   #Look if there is a file with new number of CPUs
   if [ -s "/tmp/numCPUs_$$.txt" ]
   then
     TMPVAR=$(awk '$1>0 {print "%d",$1} {exit}' "/tmp/numCPUs_$$.txt")
     if [ -n "${TMPVAR}" ]
     then
       NUMCPUS=${TMPVAR}
       echo "NUMCPUS=${TMPVAR}"
     fi
     rm -f "/tmp/numCPUs_$$.txt"
   fi

   #Gather the gLABs PID background processes (Maximum processes in 
   #background as number of CPUs)
   NUMPIDS=`jobs -p|awk 'END {print NR}'`
   #A while is set because there seems to be a bug in bash that makes 
   #sometimes the "wait -n" command
   #exit even if none of provided PIDs have finished. If this happens, 
   #the while loops forces the 
   #script to wait until one of the processes is truly finished
   while [ ${NUMPIDS} -ge ${NUMCPUS} ]
   do
     #Wait for gLAB processes to finish
     PIDS="`jobs -p|awk -v ORS=" " '{print}'`"
     wait -n ${PIDS} >/dev/null 2>/dev/null
     NUMPIDS=`jobs -p|awk 'END {print NR}'`
   done
}

Answer 1

Глава 7.1 GNU Parallel 2018 описывает, как изменить количество потоков, используемых при работе https://zenodo.org/record/1146014

echo 50% > my_jobs
/usr/bin/time parallel -N0 --jobs my_jobs sleep 1 :::: num128 &
sleep 1
echo 0 > my_jobs
wait

Таким образом, вы просто помещаете аргумент для --jobs в my_jobs и GNU Parallelбудет читать это после каждого выполненного задания.

Answer 2

Лучше всего было бы изменить скрипт bash, чтобы он знал, что вы меняете значение.Изменение переменной среды внутри сеанса GDB - это просто навязчиво и в основном отбрасывает работу других разработчиков.

Ниже я использую файл с именем /tmp/signal_num_cpus.Если файл не существует, сценарий использует значение NUMCPUS.Если файл существует, он считывает его содержимое и, соответственно, обновляет номер NUMCPUS, а затем печатает некоторое уведомление о том, что numcpus был изменен на файл.Если файл существует и не содержит действительного числа (например, в предопределенном диапазоне или что-л.), Он выводит в файл сообщение об ошибке.Другая сторона уведомлена, что все в порядке или что-то плохое случилось

#!/bin/bash

is_not_number() { 
    (( $1 != $1 )) 2>/dev/null
}

# global variable to hold the number of cpus with a default value
NUMCPUS=${NUMCPUS:=5}
# this will ideally execute on each access to NUMCPUS variable
# depending on content
get_num_cpus() { 
   # I tell others that NUMCPUS is a global variable and i expect it here
   declare -g NUMCPUS
   # I will use this filename to communicate
   declare -r file="/tmp/signal_num_cpus"
   # If the file exists and is a fifo...
   if [ -p "$file" ]; then
       local tmp
       # get file contents
       tmp=$(<"$file")
       if [ -z "$tmp" ]; then
           #empty is ignored
           :;
       elif is_not_number "$tmp"; then
           echo "Error reading a number from $file" >&2
           echo "error: not a number, please give me a number!" > "$file"
       else
           # If it is ok, update the NUMCPUS value
           NUMCPUS=$tmp
           echo "ok $NUMCPUS" > "$file"  # this will block until other side starts reading
       fi
   fi
   # last but not least, let's output it
   echo "$NUMCPUS"
}

# code duplication is the worst (ok, sometimes except for databases frameworks)
get_num_bg_jobs() {
    jobs -p | wc -l
}

waitpid() {
   while 
         (( $(get_num_bg_jobs) >= $(get_num_cpus) ))
   do
         wait -n
   done
}

# rest of the script

NUMPCUS=10
for(...) #Loop for each day
do
   day=... #Set current day variable
   #Command to execute, put in background
   gLAB_linux -input "${day}folder/${day}.input" -output "${day)outfolder/${day}.output" &        
   #Wait for any process to finish if NUMCPUS number of processes are running in background
   waitpid 
done

И изменение значения скрипта может выглядеть так:

#!/bin/bash

# shared context between scripts
declare -r file="/tmp/signal_num_cpus"

mkfifo "$file"

echo 1 > "$file" # this will block until other side will start reading

IFS= read -r line < "$file"

case "$line" in
ok*) 
     read _ numcpus <<<"$line"
     echo "the script changed the number of numcpus to $numcpus"
     ;;
*)
     echo "the script errored with $error"
     ;;
esac

rm "$file"

Метки:

• правильный способ определения функции - func() { :; } Использование function func { } - это что-то взятое из ksh и поддерживается как расширение.Используйте func() {}
• Хорошо использовать арифметическое расширение (( ... )) для сравнения чисел и обработки.
• Использование обратных клавиш `для подстановки команд $( ... ) устарело.