Слишком поздно отвечать на вопрос, но может быть полезно для других.
JSch библиотека http://www.jcraft.com/jsch/ может помочь достичь этого. Приведенный ниже метод вернет строку, если аутентификация прошла успешно, иначе он выдаст исключение.
public String authenticate(String host, String user, String password) throws JSchException {
JSch jsch = new JSch();
Session session = jsch.getSession(user, host, 22);
session.setPassword(password);
Properties obj_Properties = new Properties();
obj_Properties.put("StrictHostKeyChecking", "no");
session.setConfig(obj_Properties);
session.connect(5000);
String version = session.getServerVersion();
session.disconnect();
return version;
}