Кажется, опечатка в вашем sql, это должно быть scpi2.asi
вместо spci2.asi
и то же самое с scpi2.id
.
, поэтому правильный оператор удаления будет:
@Modifying
@Query("delete from Scpi scpi where scpi.id in ( select scpi2.id from Scpi scpi2 inner Join scpi2.asi asi inner Join asi.spi spi where spi.id= ?1)")