Вы можете использовать следующее
RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_COOKIE} !cookie_name=specific_value [NC]
RewriteRule ^.*$ - [R=403,L]
Это вернет запрещенную ошибку 403 для всех входящих Uris, если тест %{HTTP_COOKIE}
пройдет успешно.
Если вы хотите запретить доступ кДля конкретного каталога на основе %{HTTP_COOKIE}
вместо него используется следующее
RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_COOKIE} !cookie_name=specific_value [NC]
RewriteRule ^dirName/.*$ - [R=403,L]
То же, что и в первом правиле, но при этом будет запрещен доступ к одному пути к каталогу, а не ко всему сайту.