Лучше всего, когда у вас в голове есть весь javascript. И вы можете без особого труда. Как сказал Доминик Роджер, возможно, нет ничего страшного в том, чтобы включать файлы js на каждую страницу, потому что они должны быть кэшированы.
Я склонен создавать файлы классов шаблонов страниц с большим количеством переменных для такого рода вещей. Более простая вещь, более подходящая к тому, что вы уже делаете, - установить переменную перед тем, как включить файл заголовка, затем получить доступ к этой переменной в файле заголовка и, если необходимо, добавить js.
<?php
$includePhotoJavascript = true;
include "header.php";
?>
В заголовочном файле:
if(isset($includePhotoJavascript) and $includePhotoJavascript == true)
{
// add the javascript
}