Если вы не видите .gitmodule в корне основного репозитория, это означает, что ваша подпапка является вложенным git-репо, записанным как gitlink (ссылка SHA1), то есть то, что вы видите как затененную папку.
Все, что вам нужно сделать, это:
- удалить подпапку .git, которую вы найдете в этой папке
- вернуться к главному репо (на одну папку вверх)
- add, commit и push: это должно выдвинуть папку content вместо ссылки дерева SHA1.