MySQL не является хорошим выбором для этого варианта использования - он предназначен для использования в серверной среде, а не в качестве части настольного приложения.Кроме того, распространение его вместе с приложением потребует от вас распространения исходного кода вашего приложения под лицензией GPL или оплаты лицензионных сборов.
Лучшим вариантом будет SQLite.Он предназначен для встраивания - фактически, вы, вероятно, используете приложение, которое встраивает его прямо сейчас!- и его код находится в свободном доступе, поэтому нет особых требований к лицензированию.Вы можете использовать его в приложении Electron, установив модуль sqlite3 Node.