После нескольких часов отладки мне кажется, что в FireFox innerHTML DOM отражает то, что на самом деле находится в разметке, но в IE innerHTML отражает то, что в разметке, плюс любые изменения, сделанные пользователем или динамически ( т.е. через Javascript).
Кто-нибудь еще находил, что это правда? Какие-нибудь интересные обходные пути, чтобы гарантировать, что оба ведут себя одинаково?