Я думаю, что лучшее, на что вы можете надеяться в этой ситуации, это иметь один субдомен другого, и когда вы хотите, чтобы одна система ссылалась на другую, вам нужно будет ссылаться на нее. Кроме того, если бы вы могли переместить одну из систем в подпапку другой системы, вам, вероятно, сойдет с рук наличие относительных ссылок.
Единственным другим вариантом будет буквальная миграция всего вашего контента из одной системы в другую вручную.