Я думаю, вы можете сделать это:
<PropertyGroup>
<SomeReferencePath>..\Your\Other\Build\Path\</LibraryReference>
</PropertyGroup>
Затем включите это в цель:
Properties="ReferencePath=$(SomeReferencePath)"
Это даст указание компилятору искать этот ссылочный путь для разрешения сборок, на которые он ссылается.
Я думаю =:)
[Редактировать: все это будет в рамках нового скрипта msbuild, который собирает все ваши подпроекты.]