Набор результатов JDBC должен, в принципе, позволять вам повторять суть большого результата запроса.
Однако использование Java может быть не самым эффективным подходом. Массовый экспорт в файл и массовый импорт могут быть подходящими. Похоже, что MS имеет утилиту bcp , которая может выполнять экспорт.