Если вы простите немного саморекламы, вы можете использовать мою библиотеку physt
(см. https://github.com/janpipek/physt). Затем вы можете написать код, подобный этому:
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from physt import h2
# Data
r1 = np.random.normal(0, 1, 20000)
r2 = np.random.normal(0, .3, 20000) + r1
x = np.exp(r1)
y = np.exp(r2)
# Plot scatter
fig, ax = plt.subplots()
ax.scatter(x[:1000], y[:1000], s=2)
H = h2(x, y, "exponential")
H.plot(ax=ax, zorder=-1) # Necessary to put behind
Который, янадежда - решение вашей проблемы: