Я думаю, вы можете использовать функцию shutil.copy для достижения своей цели.Это будет примерно так:
import shutil
import os
absolute_path = os.getcwd() # Stores original path.
os.makedirs("/output_folder") # Creates output_folder.
with open("filepaths.txt") as file:
for filepath in file.readlines():
path = filepath[:filepath.rfind("/")] # Extracts folder.
os.chdir(path) # Changes directory.
filename = filepath[filepath.rfind("/") + 1:] # Extracts filename.
filename = filename.replace("\n","") # Gets rid of newline character.
shutil.copy(filename, absolute_path + "/output_folder/")
Если возникает ошибка PermissionDenied, прокомментируйте строку, которая создает выходную папку, и создайте ее вручную в рабочем каталоге.