Это должно работать, пока у вас есть ссылка на скрипт на странице aspx, и VS может найти этот файл по указанному вами пути.
<script src="jquery-1.3.2.js" type="text/javascript"></script>
При этом рекомендуется избегать размещения javascript на самой странице. Создайте отдельный файл .js, который будет содержать весь ваш javascript.