Я нашел альтернативное решение, но не решил проблему.
Я сделал трюки, такие как здесь : я использовал следующую команду:
./certbot-auto certonly -d www.domain1.fr -d domain1.fr -d domain2.fr -d www.domain2.fr
Мои сертификаты теперь снова работают.
Так что проблема (я полагаю) в том, как certbot-auto renew
соответствует webroot каждого веб-сайта.
Большое спасибо @Martin Zeitler за вашу помощь иваше время.