Вы загружаете файлы в Cloudfront, загружая их в S3. Вы можете загрузить на S3 через интерфейс REST. Там нет поддержки FTP. Существует множество программных пакетов и библиотек кода для обработки загрузки, если вы не хотите писать свои собственные.
Если существует клиент rsync, который поддерживает загрузку на S3, то да, вы можете использовать rsync. Я не знаком ни с кем.