Вы должны объединить их. Используйте ваши CSS-файлы в папке темы для обычного оформления всех HTML-элементов на вашем сайте (включая все сгенерированные элементы).
В файле скина элемента управления вы можете установить класс css по умолчанию. Другие свойства, такие как расположение и поведение элементов по умолчанию (пример: элемент управления календарем), также доступны для редактирования.
Файлы скинов хороши для любой конфигурации макета, которую вы не можете легко сделать с помощью CSS, но со свойствами .net элементов управления.