Вы должны иметь возможность добавить XPath-преобразование в подпись. Это должно выглядеть примерно так:
<Transform Algorithm="http://www.w3.org/TR/1999/REC-xpath-19991116">
<XPath xmlns:dsig="&dsig;">
...
</XPath>
</Transform>
Я не владею XPath, но должно быть легко сформулировать XPath-выражение, исключающее элемент Footer. (Но обратите внимание, что XPath является необязательной частью XML-DSIG, поэтому не все реализации могут его поддерживать).
В качестве альтернативы, если бы вы могли реструктурировать ваш документ, чтобы он стал
<envelop>
<header>blaa</header>
<message>blaa blaa</message>
<Signature></Signature>
</envelop>
или
<envelop>
<signedEnvelope>
<header>blaa</header>
<message>blaa blaa</message>
</signedEnvelope>
<Signature></Signature>
</envelop>
Вы могли бы справиться с этим с помощью Преобразования с подписью в конвертах (первый случай) или подписав элемент подписанного элемента (второй случай).