В настоящее время нет способа создать <fragment>
теги напрямую из anko.Вы должны создать NavHostFragment и добавить его вручную:
val finalHost = NavHostFragment.create(R.navigation.example_graph)
linearLayout {
id = 1
supportFragmentManager.beginTransaction()
.replace(1, finalHost)
.setPrimaryNavigationFragment(finalHost) // this is the equivalent to app:defaultNavHost="true"
.commit()
}