Если вы открыто храните код, который содержит этот алгоритм, в вашем приложении, ничто не мешает «неправильным людям» взломать устройство и скопировать полную файловую структуру устройства перед запуском процесса «очистки».
Кроме того, если вы имеете дело с заказчиком из правительства США, я сомневаюсь, что он одобрит покупку взломанного устройства, поскольку поставщик такого устройства заявил, что взлом джейлбрейка является незаконным . Независимо от того, будет ли это иметь место в суде, правительство имеет тенденцию быть консервативным в этих вопросах и ошибаться на стороне осторожности. Поскольку Apple является крупной американской компанией и поставщиком для правительства, я бы не ожидал, что государственные закупщики примут в этом сторону джейлбрейкеров.
Я бы порекомендовал зашифровать конкретные алгоритмы в файле в комплекте вашего приложения и потребовать, чтобы пользователь этого приложения расшифровал этот файл в памяти с правильным (сложным) паролем. Таким образом, даже если «плохие парни» получат доступ к приложению, у них не будет всего необходимого для доступа к этим алгоритмам, и им придется взломать пароль в зашифрованной части. Это можно сделать на стандартном устройстве без джейлбрейка.
Армия США выпускает iPod в поле с пользовательскими приложениями на них, поэтому я уверен, что вы не первый человек, столкнувшийся с этой проблемой. Если эта работа финансируется за счет гранта SBIR Министерства обороны США (или аналогичного), вы можете даже связаться со своим сотрудником по контрактам и выяснить, могут ли они связаться с вами в соответствующем агентстве, которое может вам помочь с этим (или даже определить, если это проблема для начала).