Заменить первые несколько наблюдений разреженной матрицы - PullRequest
Новая
       13

Заменить первые несколько наблюдений разреженной матрицы

0 голосов
/ 30 января 2019

У меня есть следующие данные, которые выглядят следующим образом: 

       col1      col2        
  [1,] "group 5" "BNDBP6569M"
  [2,] "group 3" "MMCRO7403D"
  [3,] "group 3" "QFMVN5837D"
  [4,] "group 3" "JEXQH9565P"
  [5,] "group 3" "VEGAE7145C"
  [6,] "group 1" "JHRQM4424S"
  [7,] "group 2" "HNABS7216I"

Я помещаю их в разреженный формат, который выглядит следующим образом: 

[1,] NA . . . 1 . . 1 . . . 1 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .
[2,] NA . 1 . . 1 . . . 1 1 . . . . . . . . . 1 1 . . 1 . 1 . . . . . . . . . . .
[3,] NA 1 . . . . . . . . . . . . . 1 1 . . . . . . 1 . . . 1 1 . . . . 1 . . . 1
[4,] NA . . . . . . . 1 . . . . . . . . 1 . 1 . . 1 . . . . . . 1 . 1 . . . . 1 .
[5,] NA . . 1 . . 1 . . . . . . 1 1 . . . 1 . . . . . . 1 . . . . 1 . . . 1 1 . .

Когда я создаю эту разреженную матрицу, я получаюпредупреждение: 

Warning message:
In storage.mode(from) <- "double" : NAs introduced by coercion

, которое по существу заменяет group n значением NA.Я пытаюсь переименовать первые n строки в длину names символьного вектора, используя dat_sparse@x <- names.Однако на самом деле это не то, что я хочу.

Как я могу включить имена групп в строки "идентификаторов" без получения значений NA?

Данные: 

library(tidyr)
library(dplyr)
library(Matrix)

library(rsample)
library(tibble)
library(purrr)


names <- c("name1", "name2", "name3", "name4")
col1 <- sample(1:5, 100, replace = TRUE)

col1 <- paste("group", col1)

myFun <- function(n = 5000) {
  a <- do.call(paste0, replicate(5, sample(LETTERS, n, TRUE), FALSE))
  paste0(a, sprintf("%04d", sample(9999, n, TRUE)), sample(LETTERS, n, TRUE))
}
col2 <- myFun(100)
col2


dat <- cbind(col1, col2)
dat

dat_sparse <- dat %>% 
  as_tibble() %>%
  count(col1, col2) %>%
  spread(col2, n, fill = 0) %>%
  as.matrix() %>%
  Matrix(., sparse = TRUE)

dat_sparse

РЕДАКТИРОВАТЬ:

Я думаю, что проблема сводится к двум последним строкам: 

dat_sparse <- dat %>% 
  as_tibble() %>%
  count(col1, col2) %>%
  spread(col2, n, fill = 0) %>%
  as.matrix() %>%
  Matrix(., sparse = TRUE)

Установка имен строк для Matrix() объекта получал предупреждения иNA значения.Просто убрав шаг Matrix() здесь и запустив следующее: 

dat_sparse <- dat %>% 
  as_tibble() %>%
  count(col1, col2) %>%
  spread(col2, n, fill = 0) %>%
  as.matrix()

rownames(dat_sparse) <- dat_sparse[,1]
dat_spares <- dat_sparse[,-c(1)]
new_mat <- Matrix(dat_spares)

Кажется, работает.new_mat выглядит следующим образом: 

group 1 . . . . . 1 . . 1 . . . 1 . . . 1 . . . 1 . . . . . . 1 1
group 2 1 . 1 . 1 . . . . . . . . 1 1 . . . . 1 . 1 . . 1 . . . .
group 3 . 1 . 1 . . 1 . . . . 1 . . . . . . 1 . . . 1 1 . . 1 . .
group 4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
group 5 . . . . . . . 1 . 1 1 . . . . 1 . 1 . . . . . . . 1 . . .

Где group 1, group 2 etc. - имена строк.

1 Ответ

0 голосов
/ 30 января 2019

Вот решение tidy. 

dat_sparse <- dat %>% 
  as_tibble() %>%
  count(col1, col2) %>%
  spread(col2, n, fill = 0) %>%
  column_to_rownames("col1") %>%
  as.matrix() %>%
  Matrix(., sparse = TRUE)

dat_sparse

Вывод: 

group 1 . . . 1 . 1 . . 1 . . . . . . 1 1 . . 1 . . . . . . . . .
group 2 . 1 . . . . . . . 1 1 . . . 1 . . 1 1 . . . . 1 . . . 1 .
group 3 1 . 1 . . . 1 1 . . . 1 1 1 . . . . . . . 1 . . 1 1 . . 1
group 4 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . 1 . .
group 5 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . .
...